Магнитотерапия, т.е. лечебное воздействие постоянным (ПМП) или низкочастотным переменным (ПеМП) и пульсирующим магнитными полями, несовместима в один день с другими электролечебными процедурами общего воздействия, УВЧ- и микроволновой терапией, индуктотермией, местными УФ-облучениями. При наличии показаний магнитотерапию можно  комбинировать с лекарственным электрофорезом, электросном, диадинамо- и амплипульстерапией, а также лазеротерапией.

Магнитотерапию можно сочетать с ультразвуком, ультрафонофорезом, а также с баротерапией при лечении заболеваний периферических сосудов. Таким объединением достигается повышение проницаемости кожи для лекарственного вещества и повышения общей эффективности лечения.

Курсовое воздействие низкочастотным магнитным полем на зону нижних шейных и верхних грудных сегментов за 30-60 мин до велотренировки способствует оптимизации лечебного эффекта у больных ИБС, перенесших инфаркт миокарда.

Включение магнитотерапии и пелоидотерапии в лечебно-реабилитационный комплекс у больных с переломами конечностей повышает эффективность реабилитации этого контингента больных.

Магнитотерапия в сочетании с лазерным излучением (магнитолазеротерапия) больше сокращает сроки заживления инфицированных ран и трофических язв по сравнению с другими методами лечения.