Магнітотерапія, тобто. лікувальна дія постійним (ПМП) або низькочастотним змінним (ЗмМП) і пульсуючим магнітними полями, несумісна в один день з іншими електролікувальними процедурами загального впливу, УВЧ та мікрохвильовою терапією, індуктотермією, місцевими УФ-опроміненнями. За наявності показань магнітотерапію можна комбінувати з лікарським електрофорезом, електросном, діадинамо- та ампліпульстерепією, а також лазеротерапією.

Магнітотерапію можна поєднувати з ультразвуком, ультрафонофорезом, а також баротерапією при лікуванні захворювань периферичних судин. Таким поєднанням досягається підвищення проникності шкіри для лікарської речовини та підвищення загальної ефективності лікування.

Курсова дія низькочастотним магнітним полем на зону нижніх шийних та верхніх грудних сегментів за 30-60 хв до велотренування сприяє оптимізації лікувального ефекту у хворих на ІХС, які перенесли інфаркт міокарда.

Застосування магнітотерапії та пелоїдотерапії у лікувально-реабілітаційний комплекс у хворих з переломами кінцівок підвищує ефективність їхньої реабілітації.

Магнітотерапія у поєднанні з лазерним випромінюванням (магнітолазеротерапія) скорочує терміни загоєння інфікованих ран та трофічних виразок у порівнянні з іншими методами лікування.